COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 28.538234 23.432250 23.421145
2020-12-24 17:00:00 23.372417 23.372417 23.374709
2020-12-23 17:00:00 21.780931 21.780931 23.307398
2020-12-22 17:00:00 24.207503 24.207503 23.275103
2020-12-21 17:00:00 25.679059 25.679059 23.258429
2020-12-20 17:00:00 23.492083 23.492083 23.332409
2020-12-19 17:00:00 21.711577 21.711577 23.414378

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 27.493917 27.493917 24.308755
2020-12-24 17:00:00 17.825739 17.825739 23.387473
2020-12-23 17:00:00 26.288660 26.288660 22.736251
2020-12-22 17:00:00 11.977716 31.058496 22.826630
2020-12-21 17:00:00 14.953271 51.285047 22.781059
2020-12-20 17:00:00 18.336163 18.336163 22.094518
2020-12-19 17:00:00 16.369360 16.369360 21.706312

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 18.956044 18.956044 14.610639
2020-12-24 17:00:00 20.889488 9.838275 14.308310
2020-12-23 17:00:00 14.754098 14.754098 14.278036
2020-12-22 17:00:00 11.382114 11.382114 13.644994
2020-12-21 17:00:00 10.917031 31.222707 13.223521
2020-12-20 17:00:00 17.936118 17.936118 12.549378
2020-12-19 17:00:00 20.820189 20.820189 11.871131

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 12.703905 12.703905 11.758391
2020-12-24 17:00:00 13.125336 13.125336 11.276479
2020-12-23 17:00:00 8.682360 13.670277 10.972343
2020-12-22 17:00:00 12.102243 12.102243 10.620633
2020-12-21 17:00:00 8.136095 10.373045 10.426690
2020-12-20 17:00:00 11.630322 11.630322 10.251409
2020-12-19 17:00:00 9.709193 9.709193 9.931413

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 8.632047 8.632047 9.640738
2020-12-24 17:00:00 8.492507 8.492507 9.549020
2020-12-23 17:00:00 22.838185 22.838185 9.650110
2020-12-22 17:00:00 80.796731 8.412209 9.494732
2020-12-21 17:00:00 8.983359 8.983359 9.456442
2020-12-20 17:00:00 7.026260 7.026260 9.541466
2020-12-19 17:00:00 8.345058 8.345058 9.690728

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 46.788385 36.658601 36.002586
2020-12-24 17:00:00 29.047210 36.293436 35.939911
2020-12-23 17:00:00 23.693599 34.711438 35.298816
2020-12-22 17:00:00 26.200676 37.001127 35.035989
2020-12-21 17:00:00 43.092728 34.346046 35.186537
2020-12-20 17:00:00 37.900433 37.900433 35.126439
2020-12-19 17:00:00 34.088076 34.088076 34.707081

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 37.897469 37.897469 38.604201
2020-12-24 17:00:00 32.259317 32.259317 38.868800
2020-12-23 17:00:00 33.311646 33.311646 39.215702
2020-12-22 17:00:00 28.940432 28.940432 39.758648
2020-12-21 17:00:00 29.683698 83.029197 39.204356
2020-12-20 17:00:00 35.224839 35.224839 38.866889
2020-12-19 17:00:00 20.020555 51.739708 39.023447

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 24.150243 24.150243 21.607779
2020-12-24 17:00:00 23.283262 23.283262 20.953702
2020-12-23 17:00:00 16.004060 16.004060 20.477367
2020-12-22 17:00:00 24.622443 24.622443 20.161327
2020-12-21 17:00:00 24.486893 24.486893 19.852229
2020-12-20 17:00:00 20.216667 20.216667 19.362978
2020-12-19 17:00:00 18.628617 18.628617 18.853215

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 36.003236 22.491909 23.066553
2020-12-24 17:00:00 29.927007 29.927007 23.865006
2020-12-23 17:00:00 23.170732 23.170732 24.027784
2020-12-22 17:00:00 17.632653 17.632653 24.012708
2020-12-21 17:00:00 36.721992 15.824765 23.976040
2020-12-20 17:00:00 29.687500 29.687500 24.577381
2020-12-19 17:00:00 23.221937 23.221937 24.668900

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 26.942793 26.942793 22.785507
2020-12-24 17:00:00 24.291202 24.291202 22.836731
2020-12-23 17:00:00 21.041830 21.041830 22.954190
2020-12-22 17:00:00 20.243491 20.243491 23.039825
2020-12-21 17:00:00 21.566402 23.426398 23.067245
2020-12-20 17:00:00 21.749667 21.749667 23.267356
2020-12-19 17:00:00 20.426605 20.426605 23.606364

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 11.912288 11.015214 10.900820
2020-12-24 17:00:00 11.382337 11.382337 11.055468
2020-12-23 17:00:00 12.474950 12.474950 11.127465
2020-12-22 17:00:00 13.161711 13.161711 11.183712
2020-12-21 17:00:00 18.222722 4.868520 11.378667
2020-12-20 17:00:00 11.832061 11.832061 11.733264
2020-12-19 17:00:00 10.664740 10.664740 12.079098

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 14.406780 14.406780 9.227636
2020-12-24 17:00:00 10.351035 15.312916 9.012797
2020-12-23 17:00:00 3.840683 3.840683 8.656223
2020-12-22 17:00:00 5.069124 1.564723 8.460786
2020-12-21 17:00:00 16.144975 16.144975 8.166463
2020-12-20 17:00:00 8.083442 8.083442 7.747571
2020-12-19 17:00:00 6.524634 6.524634 7.533082

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 11.942257 36.804853 29.797891
2020-12-24 17:00:00 25.539568 25.539568 31.278322
2020-12-23 17:00:00 24.349442 24.349442 33.074698
2020-12-22 17:00:00 27.419355 27.419355 33.921981
2020-12-21 17:00:00 33.858268 8.865979 35.940522
2020-12-20 17:00:00 43.694494 43.694494 37.620596
2020-12-19 17:00:00 43.237251 43.237251 38.823790

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 68.750000 68.750000 44.185278
2020-12-24 17:00:00 68.194842 68.194842 42.237261
2020-12-23 17:00:00 27.351916 27.351916 42.435491
2020-12-22 17:00:00 48.571429 48.571429 41.441480
2020-12-21 17:00:00 21.532847 21.532847 41.442914
2020-12-20 17:00:00 60.674157 60.674157 41.915114
2020-12-19 17:00:00 30.098684 30.098684 41.195508

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 39.361224 39.361224 32.723203
2020-12-24 17:00:00 30.036942 43.858921 30.007132
2020-12-23 17:00:00 30.155139 30.155139 27.752059
2020-12-22 17:00:00 19.941133 19.941133 25.849843
2020-12-21 17:00:00 27.191811 27.191811 24.657600
2020-12-20 17:00:00 36.959429 36.959429 23.821980
2020-12-19 17:00:00 26.473029 26.473029 22.980582

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 63.544940 25.744843 28.388410
2020-12-24 17:00:00 35.893648 35.893648 28.396641
2020-12-23 17:00:00 19.966087 19.966087 28.624697
2020-12-22 17:00:00 22.937942 22.937942 28.064549
2020-12-21 17:00:00 32.150143 32.150143 27.856080
2020-12-20 17:00:00 35.031001 35.031001 28.484997
2020-12-19 17:00:00 33.699098 33.699098 28.978549

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 12.390185 9.209331 8.573495
2020-12-24 17:00:00 8.999456 8.999456 8.500179
2020-12-23 17:00:00 7.025333 7.025333 8.457461
2020-12-22 17:00:00 7.461476 8.519793 8.402771
2020-12-21 17:00:00 14.768772 8.582575 8.462064
2020-12-20 17:00:00 8.921400 8.921400 8.452178
2020-12-19 17:00:00 11.062591 11.062591 8.367886

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 17.081851 17.081851 17.083009
2020-12-24 17:00:00 17.741265 17.741265 16.963033
2020-12-23 17:00:00 16.044070 16.044070 16.906599
2020-12-22 17:00:00 17.399766 17.399766 17.019763
2020-12-21 17:00:00 16.971081 16.971081 17.130350
2020-12-20 17:00:00 17.277487 17.277487 17.205855
2020-12-19 17:00:00 19.900272 19.900272 17.245076

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 16.106148 16.106148 13.416045
2020-12-24 17:00:00 15.471283 15.471283 13.471200
2020-12-23 17:00:00 10.786015 10.786015 13.411264
2020-12-22 17:00:00 10.582192 12.848135 13.340626
2020-12-21 17:00:00 21.023256 12.092028 13.434703
2020-12-20 17:00:00 12.274460 12.274460 13.566755
2020-12-19 17:00:00 13.581489 13.581489 13.656179

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 26.697353 26.697353 16.912546
2020-12-24 17:00:00 16.013344 16.013344 16.897010
2020-12-23 17:00:00 15.668663 15.668663 16.797282
2020-12-22 17:00:00 9.982487 9.982487 16.500548
2020-12-21 17:00:00 102.500000 16.381910 15.952693
2020-12-20 17:00:00 13.663845 13.663845 15.907306
2020-12-19 17:00:00 11.941112 22.694301 16.014964

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 33.333333 33.333333 18.468755
2020-12-24 17:00:00 26.717557 26.717557 18.027990
2020-12-23 17:00:00 7.586207 7.586207 17.905496
2020-12-22 17:00:00 20.000000 20.000000 17.803069
2020-12-21 17:00:00 9.183673 9.183673 17.686075
2020-12-20 17:00:00 36.065574 36.065574 17.757687
2020-12-19 17:00:00 13.068182 13.068182 18.081492

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-25 17:00:00 125.281320 125.281320 74.576142
2020-12-24 17:00:00 63.233355 63.233355 73.634753
2020-12-23 17:00:00 64.273406 64.273406 72.517291
2020-12-22 17:00:00 64.870554 64.870554 71.340533
2020-12-21 17:00:00 74.395161 74.395161 71.068182
2020-12-20 17:00:00 88.840413 88.840413 70.947719
2020-12-19 17:00:00 56.448763 56.448763 69.440506

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 27.493917 27.493917 24.308755
Basilicata 18.956044 18.956044 14.610639
Calabria 12.703905 12.703905 11.758391
Campania 8.632047 8.632047 9.640738
Emilia-Romagna 46.788385 36.658601 36.002586
Friuli Venezia Giulia 37.897469 37.897469 38.604201
Lazio 24.150243 24.150243 21.607779
Liguria 36.003236 22.491909 23.066553
Lombardia 26.942793 26.942793 22.785507
Marche 11.912288 11.015214 10.900820
Molise 14.406780 14.406780 9.227636
P.A. Bolzano 11.942257 36.804853 29.797891
P.A. Trento 68.750000 68.750000 44.185278
Piemonte 39.361224 39.361224 32.723203
Puglia 63.544940 25.744843 28.388410
Sardegna 12.390185 9.209331 8.573495
Sicilia 17.081851 17.081851 17.083009
Toscana 16.106148 16.106148 13.416045
Umbria 26.697353 26.697353 16.912546
Valle d'Aosta 33.333333 33.333333 18.468755
Veneto 125.281320 125.281320 74.576142

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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